ニンテンドースイッチはPS4やXB1と違って完全な据え置きハードではありません。3DSやPSVITAのような感覚で（ちょっと大きいけど）持ち運ぶことも可能です。
ただ、そのおかげで本体に傷がつくことは避けられないと思います。
画面はスマホのようにむき出しですし、スマホや携帯ゲーム機とは違ってサイズも大きいため落下させてしまうこともあるでしょう。ドックから出し入れする際にも傷が入る可能性が考えられます。
どうにかスイッチに傷がつくのを最小限に抑える方法はないのでしょうか。
ドックから取り出さず完全に据え置きハードとして使用する
画面だけでなくスイッチ本体に傷が入るのが嫌だという人は、購入したらドックを設置してドックにスイッチ本体を入れて取り出さないようにした方がいいと思います。
取り出す機会があるとすればソフトやSDカードを出し入れする際、ドックの中を軽く掃除するときくらいでしょうか。それ以外の時はドックに入れっぱなしにして完全に据え置きハードとして扱った方がいいと思います。そうすることで本体に傷がつくのは最小限に抑えられるでしょう。
それかSDカードも一度入れたら出し入れしない、ソフトはパッケージ版を買わないくらい徹底した方がいいかもしれません。ソフトは上から入れられますが、ドックに入ったまま入れ替えしようとするとぶつけます（笑）
持ち運ぶ時よりもこのドックからの出し入れが結構、危険だと思うんですよ。慎重にドック内に当たらないように入れないとあまり雑に入れるとガンガンぶつけてしまいます。これくらいと思っていても積もっていくと傷だらけになっていたりするかも。
私も最初こそ取り出して遊んでいましたが今ではドックに入れっぱなしにしてPS4達と並べて設置しています。使わない時は電源を切って布をかけて埃も入らないようにして。
ドックから出すなら保護シートと本体を覆うシリコンカバーは必須
ポチップ
どうしてもドックから取り出して持ち出して遊びたいという人は画面の保護シートだけでなく、スイッチ本体を傷から守るシリコンケースなどが販売されていますので、それを使用してガードするしかありませんね。保護フィルムはニンテンドースイッチ、有機ＥＬモデル、ニンテンドースイッチライトとありますので、お使いのスイッチに合わせて探してください。
普段持ち歩く時のケースだけではスイッチ本体に傷が入るのは完全には防げません。遊ぶときにも全体を覆うカバーをつけておくべきでしょう。
ポチップ
これからスイッチを買おうと思ってる人は自分がどういうプレイスタイルなのかを考えてから買うといいと思います。
自宅で完全な据え置きとして使うのであればいいですが、外に持ち出したり自宅の中でもドックから取り出して遊ぶのであればカバーで完全に保護した方が間違いないと思います。