ニンテンドースイッチ専用ソフト、Newポケモンスナップでは公式のプロコントローラーを使うことはできるのか調べてみました。
プロコンはポケモンスナップで使用可能
マイニンテンドーストアのポケモンスナップ販売ページを確認してみたところ、対応コントローラーにプロコントローラーの記載がありましたので使用可能だと思われます。
（情報元：My Nintendo Store）
また、プレイモードはTVモード、テーブルモード、携帯モードに対応しているようです。
以上です。
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