ニンテンドースイッチ用ソフト「超おどるメイドインワリオ」ではプロコントローラーは使えないようです。また、ジョイコンをグリップで繋げた状態も非対応となっています。基本的にジョイコン2本持ちか1本の縦持ちで操作することになるようです。また、携帯モードも非対応となっています。ご注意ください。
公式サイトのプレイ人数と対応コントローラーのスクショも貼っておきます。
ジョイコン2本持ちはストーリーモード、ジョイコン1本の縦持ちはパーティモードのみ対応とのことです。(情報元:超おどるメイドインワリオ公式サイト)
念のためにニンテンドーストアのページも確認してみましたが、プレイモードはTVモードかテーブルモードのみとなっています。プロコンの記載もありませんでした。(※プロコンが使えるゲームの場合は対応コントローラーにプロコントローラーの記載がある。)
ゲームの概要、遊び方の説明にもジョイコンの記載しかありません。
マリオパーティと同じようになるのだと思われます。超おどるメイドインワリオを遊ぶ予定の方はご注意ください。