ポケモンダイパリメイクでジムリーダーともう一度戦うには殿堂入り後にポケモン図鑑を完成させましょう。
ポケモン図鑑を完成させるにはポケモンを捕まえる必要はありません。シンオウ地方のポケモンを全て見つける（トレーナー戦や野生で見るなど）だけでOKです。
150匹すべてのポケモンを見てページを埋めたらナナカマド博士に会いに行きましょう。
そしてポケモン図鑑完成の報告を済ませてから研究所を出てくるとヒョウタが話しかけてきて、各地のジムリーダーと再戦できるようになります。
初めて戦ったときよりも強力なポケモンを使用してくるので、充分に用意して挑みましょう。
また、このタイミングから四天王たちのポケモンも強くなった状態で再戦できるようになってますよ。ポケモン図鑑完成がキーになっているイベントが多いので、図鑑を埋めたら各地をまわってみるといいと思います。今まで通れなかった場所が通れるようになっていたりしますよ。
以上です。